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高雄市改制直轄市後，臨時市議會建議在高雄市興建臺灣高等法院之分院，中央依循民意，為求便民，於民國70年7月迄民國75年，完成建築用地之徵收與撥用，民國79年2月1日，臺灣高等法院高雄分院暨檢察署正式成立，並自同年5月1日起，開始受理臺灣高雄、屏東、澎湖 三地方法院之民、刑事上訴、抗告等案件。
為保障澎湖縣民之訴訟權益，提供民眾便利使用二審法院之服務，奉司法院函示於澎湖縣馬公市設立本院澎湖庭，受理不服臺灣澎湖地方法院民、刑事裁判而上訴或抗告之案件，及該地區依法令應由本院管轄之民(含家事)、刑事第一審案件，並自102年4月30日起設立運作。
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